Засмічення салонного фільтра, що очищає все повітря, що надходить до салону як при охолодженні, так і при опаленні або провітрюванні, може обмежувати повітряний потік та знижувати ефективність роботи кондиціонера.
Забруднення випарника закономірно на автомобілях, у кондиціонерах яких не передбачено фільтру припливного повітря. Тополиний пух та інше сміття, що засмоктується вентилятором, забиває «стільники» випарника, зменшуючи ефективність охолодження. Для відновлення нормальної роботи кондиціонера в цьому випадку потрібне зняття панелі приладів, демонтаж і очищення випарника.
Забруднення конденсатора пилом, брудом, залишками комах, тополиним пухом багаторазово знижує його теплообмін з навколишнім повітрям, погіршує роботу системи кондиціювання, може викликати аварійні вимикання компресора та скидання холодоагенту (при несправному автоматичному захисті не виключено його заклинювання).
Несправності електрообладнання в ланцюгах управління кондиціонером, вентиляторами в салоні та на конденсаторі можуть негативно впливати на підтримку бажаного мікроклімату в салоні автомобіля.
Підмішування теплого повітря (або повторне нагрівання) в режимі охолодження відбувається через несправність заслінок розподільника повітря , крана або електромагнітного клапана обігрівача, який не перекриває циркуляцію охолоджуючої рідини. У цьому випадку холодне повітря після випарника знову нагрівається в опалювачі, тобто робота компресора стає марною і даремно витрачається на неї потужність двигуна.